Sequenzdaten in Echtzeit
Wissenschaftler entwickeln Plattform zur Überwachung von SARS-CoV-2-Mutationen
Die neue, interaktive Plattform „CovRadar“ soll Sequenzinformationen leichter und nutzerfreundlicher zugänglich machen.
Veröffentlicht:Potsdam. Zur molekularen Überwachung des Corona-Spike-Proteins, auf das die meisten Impfstoffe zielen, haben Wissenschaftler eine interaktive Plattform entwickelt. Das hat das Hasso-Plattner-Institut (HPI) am Dienstag mitgeteilt. Beteiligt an der Entwicklung des „CovRadar“ waren neben dem HPI außerdem das Robert-Koch-Institut, das Europäische Virus-Bioinformatik Institut und die Medizinische Hochschule Hannover.
Die Plattform verbindet einen Analyseprozess und eine Web-Anwendung, die die Analyse und Visualisierung von über einer Million Sequenzen ermöglicht. Dafür erstellt „CovRadar“ laut Mitteilung aus Genomregionen ein multiples Sequenz-Alignment und bestimmt daraus Varianten, Konsensus-Sequenzen und phylogenetische Stammbäume. Die Ergebnisse werden in der interaktiven Webanwendung präsentiert. Dabei sind durch Filteroptionen sowohl Echtzeit- als auch retrospektive Analysen möglich. Gleichzeitig erlaubt eine interaktive Deutschland-Karte auch die Betrachtung der Verbreitung von Mutationen in verschiedenen Regionen.
„Unser Ziel ist es, Sequenzinformationen über die neue Plattform CovRadar leichter und nutzerfreundlicher zugänglich zu machen, insbesondere für Virologen und Epidemiologen sowie den Krisenstab des RKI, damit wir notfalls sehr schnell auf Mutationen reagieren können“, wird Professor Bernhard Renard in der Mitteilung zitiert. Renard ist Leiter des Lehrstuhls Data Analytics and Computational Statistics und des CovRadar-Projekts am HPI sowie Mitglied des Wissenschaftlichen Beirats des Robert Koch Instituts.
CovRadar ist frei zugänglich unter https://covradar.net. (eb)
